2011.—12. gada sezonā Makinnons pievienojās QMJHL kluba Helifeksas "Mooseheads" rindām. 2012.—13. gada sezonā kopā ar klubu izcīnīja Memoriālo kausu, Makinnonam iegūstot gan kausa izcīņas vērtīgākā, gan arī rezultatīvākā spēlētāja balvu.
2013. gada pirmssezonas treniņnometnē Makinnnons izcīnīja vietu Kolorādo "Avalanche" sastāvā. Sezonas gaitā Makinnons kļuva par vienu no "Avalanche" rezultatīvākajiem spēlētājiem, atzīmējoties ar 63 rezultativitātes punktiem. Pēc sezonas beigām kā līgas labākais debitants ieguva Kaldera balvu. No 2018. līdz 2020. gadam Makinnons trīs sezonas pēc kārtas noslēdza līgas rezultatīvāko spēlētāju desmitniekā.